Producción Científica
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Item Localización de secuencias reguladoras de la transcripción por métodos computacionales(Revista De La Asociación Colombiana De Ciencias Biológicas, 2008) Perez Galindo, Carlos AndresEl aumento en la tasa de secuencias biológicas reportadas en las bases de datos, a partir de los procesos de secuenciación y por tanto del crecimiento de las listas de genes de organismos cuyo genoma ha sido secuenciado, contrasta con el poco conocimiento sobre la manera en que esos genes son regulados. En la presente investigación, se elaboro un programa en lenguaje PERL, para la localización de secuencias de ADN que se unen a factores de transcripción que regulan la expresión génica en procariotas. Los conjuntos de genes fueron obtenidos a partir de su expresión (micro arreglos) bajo las mismas condiciones ambientales. El organismo modelo con el que se trabajo fue lactococcus Iactis, del cual se dispone su genoma secuenciado en formato del banco de genes. El programa encontró mayor número de posibles secuencias reguladoras en la región flanqueadora 5’ de los genes. El número de posibles secuencias reguladoras también estuVo determinado por la cantidad de genes que conformaron cada conjunto. El programa también localizo secuencias flanqueadoras de genes que podrían estar involucradas en su regulación, pero a niVel traduccional. La comparación de los resultados con patrones obtenidos experimentalmente, se hizo mediante matrices de pesos de posición de nucleótidos, obteniéndose aproximadamente un 50 % de secuencias reguladoras que coincidían con las reportadas en las bases de datos, lo que indica un buen niVel de predicción del programa si se tiene en cuenta que la mayoría de secuencias reguladoras para procariotas, aun no han sido caracterizadas por metodos experimentales.Item De la táctica didáctica a la práctica investigativa: experiencia desde la bioinformática(Revista Virtual Universidad Católica Del Norte, 2008) Perez Galindo, Carlos Andres; Rodríguez Herrera, Jorge AlbertoLa utilización de la Bioinformática en entornos colaborativos virtuales y de animaciones computacionales para el aprendizaje de la Biología Molecular permiten introducir al estudiante en la práctica investigativa, en la formación investigativa y en la investigación en sentido estricto. En este contexto las prácticas se convierten en simulaciones de situaciones experimentales y en puntos metodológicos propios de la investigación actual en Biotecnología. Dichas prácticas conducen directamente a un modelo pedagógico centrado en el estudiante; por ello, toda la táctica didáctica se debe enfocar en un modelo eficaz y fundamentado en el aprender haciendo; es decir, en una implicación activa, intencional y apasionada de la práctica investigativa que, en este caso, tiene que ver con los aspectos más diversos del universo molecular. Los resultados que se obtienen a partir de todo lo anterior son: el entendimiento de la orientación epistemológica fundamentada en el indeterminismo gracias a la experimentación mediante la virtualidad y la utilización de la evolución biológica a nivel molecular para el desarrollo tecnológico.Item Estudio teórico de las propiedades electrónicas y estructurales a través de la evolución en el ángulo de torsión de cho-oh, chs-oh y chs-sh(Revista de la sociedad de química de Perú, 2009) Pumachagua, R.; Pecho, R. H.; Pino, R. H.; Nagles, E. O.; Hurtado, J. J."En este trabajo se analiza la evolución de propiedades electrónicas y estructurales de las moléculas: CHO-OH, CHS-OH y CHS-SH, cuando se varía el ángulo de torsión. Entre las propiedades están: distancia de enlace, energía, potencial químico (µ), dureza molecular ( ) e índice de electrofilia ( ). También la función ( ). Los datos obtenidos son comparados con valores en la literatura. Los cálculos fueron realizados a nivel B3LYP/6- 311G**, en el contexto de la Teoría de los Funcionales de la Densidad, encontrándose en general que las moléculas permanecen en una geometría cercana a los 180° y 360º de torsión que les permita mayor estabilidad; de los sistemas caracterizados el más estable fue el HCO-OH."Item Didáctica desde la práctica investigativa mediante la planificación y experimentación virtual(Revista De La Asociación Colombiana De Ciencias Biológicas, 2009) Pérez Galindo, Carlos AndrésLa utilización de la informática, de entornos colaborativos virtuales y de animaciones computacionales para el aprendizaje de la Biología Molecular, permiten introducir al estudiante en la práctica investigativa, en la formación investigativa y en la investigación en sentido estricto. En este contexto las prácticas se convierten en simulaciones de situaciones experimentales y en puntos metodológicos propios de la investigación actual en Biotecnología. Dichas prácticas conducen directamente a un modelo pedagógico centrado en el estudiante; por ello, toda la táctica didáctica se debe enfocar en un modelo eficaz y fundamentado en el aprender haciendo; es decir, en una implicación activa, intencional y apasionada de la práctica investigativa que, en este caso, tiene que ver con los aspectos más diversos del universo molecular. Los resultados que se obtienen son: el entendimiento de la orientación epistemológica fundamentada en el indeterminismo gracias a la experimentación mediante la virtualidad y la utilización de la evolución biológica a nivel molecular para el desarrollo tecnológico. No se puede orientar la práctica, solamente hacia el conocimiento de las herramientas informáticas, debido a que fracciona la metodología que permite el estudio de un fenómeno-biológico. Es fundamental plantear una táctica didáctica fundamentada en la práctica investigativa que conduzca al planteamiento claro de los problemas y a la manera de integrar los diferentes medios bioinformáticas en la metodología experimental y análisis de resultados. La práctica investigativa genera relaciones temáticas y aplicativas entre los diferentes módulos que conforman el curso, proporcionado al estudiante un hilo conductor claro que fomenta el auto-aprendizaje.Item Synthesis, characterization and reactivity studies in ethylene polymerization of cyclometalated palladium(II) complexes containing terdentate ligands with a N,C,N-donor set(Journal of Coordination Chemistry, 2009) John, Hurtado; Portaluppi, Mariana; Quijada, Raúl; Rojas, René; Valderrama, MauricioThe reaction of [Na2PdCl4] with 3,5-bis(2-pyridoxy)toluene (LpyH) in acetic acid yields the cyclometalated complex [PdCl(Lpy-N, C, N)] (1). Complex 1 can be further converted into neutral species by metathesis reaction exchange of chloride by either iodide or thiocyanate to yield [PdX(Lpy-N, C, N)] (X = I (2), SCN (3)). The chloride can be replaced by neutral ligands like pyridine or acetonitrile in the presence of silver tetrafluoroborate to give the corresponding cationic compounds [PdL(Lpy-N, C, N)]BF4 (L = Py (4), MeCN (5)). In contrast, the reaction of [Na2PdCl4] with 3,5-bis(3, 5-dimethylpyrazol-1-ylmethyl)toluene (LpzH) under analogous conditions yields the neutral complex [PdCl2(LpzH-N, N)](6) with the ligand bidentate N,N-donor. The cyclometalated palladium complex [PdCl(Lpz-N, C, N)] (7) was prepared by the reaction of Pd(OAc)2 with LpzH in acetic acid followed by a metathetic reaction with lithium chloride in acetone/water. Complexes 1, 6, and 7 in the presence of methylaluminoxane (MAO) lead to an active catalyst for the polymerization of ethylene.Item New bis(azolylcarbonyl)pyridine chromium(III) complexes as initiators for ethylene polymerization(Inorganica Chimica, 2011) Hurtado, John; Ugarte, Javiera; Rojas, René; Valderrama, Mauricio; Carey, Desmond Mac-Leod; Muñoz-Castro, Alvaro; Arratia-Pérez, Ramiro; Fröhlich, RolandReaction of 2,6-pyridinedicarbonyl dichloride with 3,5-dimethylpyrazole and 1H-indazole, respectively, yield the tridentate ligands 2,6-bis(3,5-dimethylpyrazol-1-ylcarbonyl)pyridine (1) and 2,6-bis(indazol-1-ylcarbonyl)pyridine (2). The molecular structure of the new compound (2) was determined by single-crystal X-ray diffraction. These ligands react with CrCl3(THF)3 in THF to form neutral complexes of general formula [CrCl3{2,6-bis(azolylcarbonyl)pyridine-N,N,N}] (3, 4) which were isolated in high yield as air stable green solids and characterized by elemental analysis, magnetic moment, IR, and mass spectroscopies. Theoretical calculations predict that the thermodynamically preferred structure of the complexes is the fac configuration. After reaction with methylaluminoxane (MAO) the chromium(III) complexes are active for the polymerization of ethylene.Item Preferencia y aceptación de Gelatina de Pata de Res(Revista Alimentos Hoy, 2013) Domínguez Segovia, Vanessa; Ortiz, Tito Alejandro; Trujillo, Octavio Enrique; Ramírez-Navas, Juan SebastiánSe evaluó sensorialmente el grado de preferencia y aceptación de gelatina de pata de res negra y blanca, producidas en el Valle del Cauca. Se hicieron dos tipos de pruebas, una de preferencia y una de aceptación (prueba hedónica de nueve puntos). El panel evaluador estuvo compuesto por 70 consumidores no entrenados, de la ciudad de Cali. Los datos obtenidos fueron sometidos a las pruebas estadísticas de Friedman y Wilcoxon. En este estudio se encontró que para los consumidores la gelatina blanca de pata de res es de mayor preferencia sobre la gelatina negra de pata de res. La mayor aceptación de la gelatina blanca de pata de res se debe a su color, textura y sabor, mientras que en la gelatina negra de pata de res su olor le da la mejor aceptación.Item Characterization of the AmtR signal Transduction-protein.(Ingenium, 2013) Rojas, Oscar E.; Clark, Timothy; Burkovski, AndreasEach year 2 million tons of amino acids are produced, most of them by application of Corynebacterium glutamicum in bioprocesses. Nowadays the amino acids industry is developing methods to increase the production yield. This development has integrated understanding of the elaborated mechanisms to provide an optimal nitrogen supply for metabolism and to overcome and survive situations of nitrogen limitation (6) (7) (8). In this way the master regulator of nitrogen control called AmtR is responsible to block transcription of various genes when nitrogen is present in surplus. This work analyses the fascinating repression complex, in the sophisticated network of interaction, that correspond to the relation of AmtR with the DNA in a homology model in 100 ns of molecular dynamics. Where the results revealed six amino acids located in a correct position in the binding zone that they permit to interact strongly with the DNA and the spectacular role of amino acid tyrosine in the protein binding.Item Viabilidad técnica de un biorreactor de membrana anaerobio para el tratamiento de vinaza(Ingenium, 2013) Marín, Johana; Castro, Sandra P.Se evaluó la viabilidad técnica a escala piloto del uso de un biorreactor de membrana anaerobio [BMA] para el tratamiento de la vinaza generada en el proceso de producción de levadura de panificación; para ello se llevaron a cabo muestreos, inspecciones de caudal y análisis fisicoquímicos que incluyeron: demanda bilógica de oxigeno [BDO5], demanda química de oxígeno [DQO], sólidos totales disueltos [SST], pH, temperatura y viscosidad. Se ajustó la viscosidad del licor mixto, comenzando en 250 cP y estabilizando en 130 cP. Se realizaron purgas después de la fase de vinaza al 100% en las cuales se mantuvo la viscosidad recomendada de 90 cP; a partir del día 99 se dio inicio al ensayo para determinar la viabilidad. Trabajando con un flujo promedio de 160 L/día, la tasa de disminución estuvo en el orden de 0,544 cP/día. Se obtuvo porcentajes de remoción de DBO, SST y DQO del 76%, 98.9% y 57% respectivamente. La temperatura y el pH del efluente tuvieron valores del orden de 29.1°C y 7.6.Item Relaciones tróficas de cinco especies de peces de interés comercial en la bahía de Cartagena, caribe colombiano(Boletin de Investigaciones Marinas y Costeras, 2013) Cogua, Pilar; Jiménez-Reyes, M.F.; Duque, GuillermoTrophic relationships of five species of commercial interest in Cartagena Bay, Colombian Caribbean. Cartagena Bay is a highly productive habitat which supports important aquatic communities and is considered an estuarine environment. During the sampling season, five commercial fish were captured: ladyfish (Elops smithi), machuelo (Opisthonema oglinum), mullet (Mugil incilis), sea bass (Centropomus ensiferus), and corvina (Cynoscion jamaicensis), all which stomach contents were analyzed. From all the fish captured, 82.6% presented contents in their stomachs, which were separated into 57 items, such as benthic microalgae, dinoflagellates, cyanophytes, sponges, mollusks, annelids, crustaceans, and fish. According to the Importance Relative Index (IRI), E. smithi, C. ensiferus, and C. jamaicensis were classified as third order consumers, O. oglinum as a second-order consumer, and M. incilis as first order consumer. The most contrasting result compared to other studies, is the found for O. oglinum, suggesting that this species is not only a filter feeding, but also a scale eater (lepidophagy).Item Gelatina de pata de res(La Alimentación Latinoamericana, 2013) Domínguez Segovia, Vanessa; Gonzales Vidal, Dalliver; Ramírez-Navas, Juan SebastiánLa gelatina de pata de res es un dulce típico de los pueblos hispanoamericanos que se elabora de forma artesanal. En el Valle del Cauca, en Colombia, existe un pueblo que se caracteriza por elaborar esta golosina, su nombre es Andalucía. Un número representativo de los habitantes de esta alegre población se dedica a la fabricación de la famo-sa gelatina blanca y gelatina negra hechas de pata de res, contando además con un sitio particular y famoso a nivel nacional para su comercialización, el Parador Blanco de la Gelatina. Gracias a esta actividad empresarial, Andalucía se ha ganado el apelativo de ""Tierra Dulce"" o de ""La Capital de la Gelatina"".Item Validación del método Walkley y Black para valoración de suelos contaminados con carbono orgánico(Ingenium, 2013) Balanta, Oscar; Pantoja, Alejandro; Castillo, Jorge EnriqueSe realizó la validación del método Walkley y Black en el laboratorio ambiental de la CVC, empleando patrones de glucosa con el fin de verificar el límite de detección, el límite de cuantificación, la exactitud, la precisión, la recuperación y la repetibilidad, obteniendo valores que permitieron demostrar la validez del método y brindar a la autoridad ambiental la posibilidad de contar con un método validado aplicable al monitoreo de suelos contaminados. Igualmente, se realizó un estudio de valoración de carbono orgánico en el relleno sanitario Presidente, ubicado en la vereda Arenales, corregimiento del municipio de San Pedro en el departamento del Valle del Cauca, con el fin de determinar la contaminación de suelos causada por carbono orgánico proveniente de los lixiviados; se obtuvo resultados de 6.79% y 5.71% en concentración de CO para las lagunas 4 y 5 respectivamente, lo que indica contaminación al subsuelo, ya que sobrepasan el valor de referencia 4.29% y el umbral permitido 6% por la norma ambiental del Reino Unido (UK Gov., 2013), aplicando para estos análisis el método previamente validado en el laboratorio ambiental.Item Genetic diversity of chloroquine-resistant Plasmodium vivax parasites from the western Brazilian Amazon(Memorias do Instituto Oswaldo Cruz, 2014) Vera Lizcano, Omaira; Resende, Sarah Stela; Chehuan, Yonne F.; Guimarães Lacerda, Marcus Vinicius; A. Brito, Cristiana F.; Zalis, Mariano G.The molecular basis of Plasmodium vivax chloroquine (CQ) resistance is still unknown. Elucidating the molecular background of parasites that are sensitive or resistant to CQ will help to identify and monitor the spread of resistance. By genotyping a panel of molecular markers, we demonstrate a similar genetic variability between in vitro CQ-resistant and sensitive phenotypes of P. vivax parasites. However, our studies identified two loci (MS8 and MSP1-B10) that could be used to discriminate between both CQ-susceptible phenotypes among P. vivax isolates in vitro. These preliminary data suggest that microsatellites may be used to identify and to monitor the spread of P. vivax-resistance around the world.Item Análisis de aceptación y preferencia del Manjar Blanco del Valle(Biotecnología En El Sector Agropecuario Y Agroindustrial, 2014) Ramírez-Navas, Juan Sebastián; Murcia S., Cindy Lorena; Castro C, VanessaSe analizó sensorialmente muestras de Manjar Blanco, un tipo de dulce de leche colombiano, provistas por cuatro empresas tradicionales. Se realizaron pruebas de preferencia y aceptación con 76 consumidores, pertenecientes a la población estudiantil de la Universidad Santiago de Cali. Las edades de los participantes estuvieron entre los 15 y 70 años y el estratos socioeconómicos del 1 al 6. Se aplicó la prueba de selección y la prueba hedónica de 9 puntos en la que se calificó atributos como olor, color, sabor y textura. Los datos obtenidos se analizaron estadísticamente usando las pruebas de Friedman y Wilcoxon. Los resultados demuestran que la muestra D fue la preferida en un 35,53%, también esta muestra fue la que obtuvo las más altas calificaciones en olor (6,07 ± 1,86), sabor (6,79 ±2,01) y textura (6,53 ± 2,06), mientras que el color de la muestra C fue la de mayor agrado (6,72 ± 1,96). Se concluye que para los consumidores el Manjar Blanco de la marca D fue el preferido sobre las otras marcas evaluadas sensorialmente.Item Panelitas de leche colombianas(Tecnología Láctea Latinoamericana, 2014) Cortes Jiménez, Amanda; Ortiz Álvarez, José Rafael; Ramírez-Navas, Juan SebastiánColombia, debido a su priviligiada posición geográfica (zona intertropical entre los 12° 30` de longitud norte y los 4° 13`de latitud sur) posee toda clase de pisos térmicos e infinidad de ambientes, además de costas en los dos oceanos. Es uno de los paises con mayor biodiversidad a nivel mundial. Es país de contrastes, debido a las características propias de su gente, regiones, costumbres, tradiciones, creencias, gastronomía, expresiones folclóricas, etc. La cocina colombiana se destaca por sus raíces, un poco de la colonia y otro tanto del mestizaje, de las migraciones y los procesos de población territorial La geografía dulce de Colombia cumple cabalmente al presentarse como muestra física de una manifestación cultural tan importante como lo es la cocina de un país. Lo cual requiere establecer analogías, diferencias y relaciones entre las regiones de Colombia. Esto se puede ver reflejado en la participación de dos ingredientes básicos el azúcar y la leche, pues aunque su producción masiva se da en ciertas regiones del país, ambas se complementan de forma especial en la elaboración de postres tales como los dulces de leche.Item Diseño y desarrollo de una pintura acrílica bajo los parámetros fisicoquímicos establecidos en la Norma NTC 1335(Ingeniería Y Región, 2014) Herrera Rincón, Jhon Alexander; Garzón García, GuillermoLa elaboración y comercialización de pinturas a nivel nacional, es un mercado que actualmente se encuentra dominado por grandes y reconocidas empresas, que a lo largo de su desarrollo han logrado la confianza y preferencia de la mayoría de los consumidores de estos productos. Por lo anterior, las pequeñas y medianas empresas como es el caso de Pinturas Milenio®, han optado por desarrollar nuevos y confiables productos que les permitan competir en el mercado, para ello se desarrolló una investigación cuyo principal objetivo se fundamentó en la elaboración de una pintura acrílica a partir de una pintura vinílica, por lo cual se realizó una serie de mezclas de sus componentes con el fin de alcanzar un reordenamiento molecular en la película que generara una buena afinidad y estabilidad química de sus materiales y a su vez permitiera resaltar las nuevas cualidades físicas como la resistencias en ambientes exteriores.Item Identificación y cuantificación de perdidas de sacarosa en el efluente final del proceso de elaboración de azúcar en el Ingenio Riopaila-Castilla(Ingenieria Solidaria, 2014) Corrales Correa, Efrén; Garzón García, GuillermoEl artículo es producto del proyecto de grado titulado “Identificación y cuantificación de pérdidas de sacarosa en el efluente final del proceso de elaboración de azúcar en un ingenio azucarero” desarrollado en la Universidad Santiago de Cali. El objetivo del proyecto fue la identificación y cuantificación de pérdidas de sacarosa en el efluente de elaboración del Ingenio Riopaila Castilla, planta Castilla. El problema de investigación surgió del interés en aprovechar la gran cantidad de sacarosa que se pierde en el proceso de elaboración del azúcar con un valor aproximado de $1500 millones por año. Los resultados de investigación fueron: una disminución de pérdidas de sacarosa que posiciona al ingenio en el primer lugar con las pérdidas de sacarosa más bajas de todo el sector azucarero en Colombia; la creación de seis nuevos puestos de trabajo (inspectores de pérdidas); disminución del impacto ambiental con la reducción de sacarosa contaminante en el efluente final; y un mejor manejo en el control de la sacarosa en el efluente final.Item In vitro and in vivo anti-schistosomal activity of the alkylphospholipid analog edelfosine(PLoS ONE, 2014) Yepes, Edward; Varela-M, Rubén E.; López-Abán, Julio; Habib Dakir, E. L.; Mollinedo, Faustino; Muro, AntonioSchistosomiasis is a parasitic disease caused by trematodes of the genus Schistosoma. Five species of Schistosoma are known to infect humans, out of which S. haematobium is the most prevalent, causing the chronic parasitic disease schistosomiasis that still represents a major problem of public health in many regions of the world and especially in tropical areas, leading to serious manifestations and mortality in developing countries. Since the 1970s, praziquantel (PZQ) is the drug of choice for the treatment of schistosomiasis, but concerns about relying on a single drug to treat millions of people, and the potential appearance of drug resistance, make identification of alternative schistosomiasis chemotherapies a high priority. Alkylphospholipid analogs (APLs), together with their prototypic molecule edelfosine (EDLF), are a family of synthetic antineoplastic compounds that show additional pharmacological actions, including antiparasitic activities against several protozoan parasites.Item From a planar electrode to a random assembly of microelectrodes: A new approach based on the electrochemical reduction of 5-bromo-1, 10-phenanthroline at gold electrodes(Electrochemistry Communications, 2014) Valencia, Drochss P.; R. de Souza, , Ana P.; Gonçales, , Vinicius R.; S. Antonio, Jadielson L.; Cordoba de Torresi, Susana I.; Bertotti, MauroA random assembly of microelectrodes (RAMs) was fabricated by electrochemical reduction of 5-bromo-1,10-phenathroline in N,N-dimethylformamide (DMF), generating the 1,10-phenanthroline radical, which was covalently grafted on gold electrodes. After several potential cycles, the gold surface was partially blocked with an insulating film of 1,10-phenanthroline and the resulting modified electrode exhibited the characteristics of a RAMs for the electrochemical reduction of the reversible probe 1,4-benzoquinone in DMF. Scanning electron microscopy and atomic force microscopy were used to examine the morphology of the electrodeposited film and to characterize the existence of micro-regions of gold not coated by the 1,10-phenanthroline film.Item Purification Methodology for Viable and Infective Plasmodium vivax Gametocytes That Is Compatible with Transmission-Blocking Assays.(Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2015) Vera, Omaira; de Brito, Paula Brelas; Albrecht, Letusa; Martins-Campos, Keillen Monick; P. Pimenta, Paulo F.; Monteiro, Wuelton M.; G. Lacerda, Marcus V.; P. Lopes, Stefanie C.; M. Costa, Fabio T.Significant progress toward the control of malaria has been achieved, especially regarding Plasmodium falciparum infections. However, the unique biology of Plasmodium vivax hampers current control strategies. The early appearance of P. vivax gametocytes in the peripheral blood and the impossibility of culturing this parasite are major drawbacks. Using blood samples from 40 P. vivax-infected patients, we describe here a methodology to purify viable gametocytes and further infect anophelines. This method opens new avenues to validate transmission-blocking strategies.