Localización de secuencias reguladoras de la transcripción por métodos computacionales
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Date
2008
Authors
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Publisher
Revista De La Asociación Colombiana De Ciencias Biológicas
Abstract
El aumento en la tasa de secuencias biológicas reportadas en las bases de datos, a partir de los procesos de secuenciación y por tanto del crecimiento de las listas de genes de organismos cuyo genoma ha sido secuenciado, contrasta con el poco conocimiento sobre la manera en que esos genes son regulados. En la presente investigación, se elaboro un programa en lenguaje PERL, para la localización de secuencias de ADN que se unen a factores de transcripción que regulan la expresión génica en procariotas. Los conjuntos de genes fueron obtenidos a partir de su expresión (micro arreglos) bajo las mismas condiciones ambientales. El organismo modelo con el que se trabajo fue lactococcus Iactis, del cual se dispone su genoma secuenciado en formato del banco de genes. El programa encontró mayor número de posibles secuencias reguladoras en la región flanqueadora 5’ de los genes. El número de posibles secuencias reguladoras también estuVo determinado por la cantidad de genes que conformaron cada conjunto. El programa también localizo secuencias flanqueadoras de genes que podrían estar involucradas en su regulación, pero a niVel traduccional. La comparación de los resultados con patrones obtenidos experimentalmente, se hizo mediante matrices de pesos de posición de nucleótidos, obteniéndose aproximadamente un 50 % de secuencias reguladoras que coincidían con las reportadas en las bases de datos, lo que indica un buen niVel de predicción del programa si se tiene en cuenta que la mayoría de secuencias reguladoras para procariotas, aun no han sido caracterizadas por metodos experimentales.
Description
Keywords
Bioinformática, factores de transcripción, PERL, matrices de pesos, traducción, transcripción