Ensamblaje de Novo del genoma de un aislado de pseudomonas SP como bacteria promotora del crecimiento de las plantas (PGPB) basado en la tecnología de secuenciación Minion

Perlaza Barragán, Julián Andrés

Ensamblaje de Novo del genoma de un aislado de pseudomonas SP como bacteria promotora del crecimiento de las plantas (PGPB) basado en la tecnología de secuenciación Minion

dc.contributor.advisor	López Álvarez, Diana Carolina
dc.contributor.advisor	Corrales Ducuara, Alba Rocío
dc.contributor.author	Perlaza Barragán, Julián Andrés
dc.creator.degree	Trabajo de Grado para optar al título de Microbiólogo
dc.date.accessioned	2025-07-03T16:29:00Z
dc.date.available	2025-07-03T16:29:00Z
dc.date.issued	2023
dc.description	La agricultura moderna ha forzado un aumento en la producción de los cultivos agrícolas proporcionando el uso intensivo de fertilizantes químicos que han generado un efecto devastador en la calidad del suelo. Además, el cambio climático ha generado un impacto negativo en la calidad de los suelos destinados a la agricultura, poniendo así en riesgo la seguridad alimentaria. Las PGPR se promueven como una aplicación sostenible que reducirá el uso de fertilizantes y pesticidas químicos. Por medio de la secuenciación de nanoporos de la plataforma MinION, se obtuvo la secuencia y el ensamblaje de novo del genoma de un aislado de Pseudomonas protegens proveniente de larvas de Galleria mellonella encontradas en suelos de cultivo de plátano. El cromosoma tuvo un tamaño de 7,055,130 (pb) con un total de 6399 genes codificantes de proteínas. Por otro lado, se identificó un total de 9 genes implicados en promover el crecimiento de las plantas, de los cuales, estuvieron presentes genes que codifican fitohormonas, solubilizadores de fósforo y enzimas desnitrificantes. Además, 25 genes involucrados en el control y supresión de fitopatógenos fueron encontrados, siendo en su mayoría sideróforos, antibióticos y factores de biocontrol. Dentro de los genes hallados en el genoma de P. protegens, se determinó la presencia de los genes pqq involucrados en la solubilización de fósforo y el gen iaaM involucrado en la expresión y biosíntesis del ácido indol-3-acético (IAA). Los resultados demostraron que el aislado Pseudomonas protegens es un posible candidato como agente de biocontrol para el uso en cultivos de interés agrícola
dc.description.abstract	Modern agriculture has forced an increase in the production of agricultural crops by providing the intensive use of chemical fertilizers that have had a devastating effect on soil quality. In addition, climate change has generated a negative impact on the quality of soils used for agriculture, thus putting food security at risk. PGPRs are promoted as a sustainable application that will reduce the use of chemical fertilizers and pesticides. Through nanopore sequencing of the MinION platform, the sequence and de novo assembly of the genome of a Pseudomonas protegens isolate from Galleria mellonella larvae found in plantain soils was obtained. The chromosome had a size of 7,055,130 (bp) with a total of 6399 protein-coding genes. On the other hand, a total of 9 genes involved in promoting plant growth were identified, of which genes that encode phytohormones, phosphorus solubilizers and denitrifying enzymes were present. In addition, 25 genes involved in the control and suppression of phytopathogens were found, being mostly siderophores, antibiotics and biocontrol factors. The results showed that the isolated Pseudomonas protegens is a possible candidate as a biocontrol agent for use in crops of agricultural interest
dc.format	application/pdf
dc.format.extent	20 páginas
dc.identifier.citation	Perlaza Barragán, J. A. (2023). Ensamblaje de Novo del genoma de un aislado de pseudomonas SP como bacteria promotora del crecimiento de las plantas (PGPB) basado en la tecnología de secuenciación Minion. Universidad Santiago de Cali.
dc.identifier.uri	https://repositorio.usc.edu.co/handle/20.500.12421/7112
dc.language.iso	es
dc.publisher	Universidad Santiago de Cali
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias Básicas
dc.publisher.program	Microbiología
dc.pubplace.city	Cali
dc.pubplace.state	Valle del Cauca
dc.rights.acceso	Acceso Cerrado
dc.rights.cc	Reconocimiento 4.0 Internacional (CC BY 4.0)
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.source.institution	Universidad Santiago de Cali
dc.source.repository	Repositorio Institucional USC
dc.subject	: PGPR
dc.subject	Pseudomonas Protegens
dc.subject	Biocontrol
dc.subject	Secuenciación de Nanoporos
dc.subject.keyword	PGPR
dc.subject.keyword	Pseudomonas Protegens
dc.subject.keyword	Biocontrol
dc.subject.keyword	Nanopore Sequencing
dc.title	Ensamblaje de Novo del genoma de un aislado de pseudomonas SP como bacteria promotora del crecimiento de las plantas (PGPB) basado en la tecnología de secuenciación Minion
dc.type	Thesis
dc.type.spa	Investigación