Caracterización genética de un aislado de Vibrio metschnikovii proveniente de una Planta de Tratamiento de Lixiviados en Cali, Colombia

Gallo Pérez, José David

Caracterización genética de un aislado de Vibrio metschnikovii proveniente de una Planta de Tratamiento de Lixiviados en Cali, Colombia

dc.contributor.advisor	Del Carmen Falco Restrepo, Aura Dayana
dc.contributor.advisor	De la Cadena Vivas, Elsa Piedad
dc.contributor.author	Gallo Pérez, José David
dc.creator.degree	Trabajo de grado para optar al título profesional de Microbiólogos(a)
dc.date.accessioned	2025-09-12T21:14:03Z
dc.date.available	2025-09-12T21:14:03Z
dc.date.issued	2023
dc.description	El lixiviado es una sustancia líquida altamente contaminante que se forma cuando el agua percola a través de la basura, extrayendo sólidos disueltos o suspendidos que pueden contener metales pesados o antibióticos, aumentando la probabilidad de encontrar bacterias que poseen genes de resistencia a estos, representando un riesgo potencial para la salud humana, animal y ambiental. Estudios previos realizados en una Planta de Tratamiento de Lixiviados en Cali, reportan un aislado de Vibrio metschnikovii con un perfil de resistencia a ampicilina/sulbactam, piperacilina/tazobactam y cefoxitina, en una laguna sin tratamiento fisicoquímico. El objetivo de este estudio fue secuenciar el genoma de este aislado con el fin de ampliar el conocimiento sobre su genética , relacionada a los genes involucrados en la resistencia antimicrobianos y factores de virulencia, además de generar información valiosa que podría ser utilizada para la gestión de riesgo y el control de la diseminación de genes de resistencia. Para ello, el genoma se secuenció empleando la tecnología NovaSeq6000 de Illumina, una vez que se evaluó la calidad de la secuencia cruda (FastQC), se removieron los adaptadores (FastClipper), luego se realizó el ensamblaje de novo (SPAdes) y se evaluó su calidad (QUAST). Con el fin de anotar los genes se usaron las plataformas BV-BRC, analiza datos y anota genes bacteriano y virales, Kbase-Prokka realiza una anotación rápida de genomas procarióticos y CGE-ResFinder i dentifica genes de resistencia adquirida a los antibióticos, los genes identificados fueron: blaCARB-9, involucrado en la resistencia a antibióticos beta- lactámicos; el gen arsD, el cual confiere resistencia a metales como el arsénico; el gen mdtK (o norM) que codifica para una bomba de eflujo perteneciente a la familia MATE que expulsa antibióticos, entre otros compuestos tóxicos; así como diversos factores de virulencia que favorecen la supervivencia en ambientes estresantes. En conclusión, la propagación de genes de resistencia presentes en bacterias cuyo hábitat son los lixiviados podrían ser un problema para la población humana y animal, motivo por el cual se debe garantizar su debido tratamiento y control previo a la inclusión al medio ambiente
dc.description.abstract	Leachate is a highly contaminating liquid substance that is formed when water percolates through the waste, extracting dissolved or suspended solids that may contain heavy metals or antibiotics, increasing the probability of finding bacteria that possess resistance genes to these, representing a potential risk to human, animal and environmental health. Previous studies carried out in a leachate treatment plant in Cali reported an isolate of Vibrio metschnikovii with a resistance profile to ampicillin/sulbactam, piperacillin/tazobactam and cefoxitin, in a lagoon without physicochemical treatment. The aim of this study was to sequence the genome of this isolate to expand the knowledge about its genetics, related to genes involved in antimicrobial resistance and virulence factors, in addition to generating valuable information that could be used for risk management and control of the spread of resistance genes. To this end, the genome was sequenced using Illumina's NovaSeq6000 technology, once the quality of the raw sequence was assessed (FastQC), adapters were removed (FastClipper), then de novo assembly (SPAdes) was performed, and its quality was assessed (QUAST). To annotate genes, the BV-BRC platforms were used, it analyzes data and annotates bacterial and viral genes, Kbase-Prokka performs rapid annotation of prokaryotic genomes and CGE-ResFinder identifies acquired antibiotic resistance genes, the genes identified were: blaCARB-9, involved in resistance to beta-lactam antibiotics; the arsD gene, which confers resistance to metals such as arsenic; the mdtK (or norM) gene that codes for an efflux pump belonging to the MATE family that expels antibiotics, among other toxic compounds; as well as various virulence factors that favor survival in stressful environments. In conclusion, the propagation of resistance genes presents in bacteria whose habitat is leachates could be a problem for human and animal populations, which is why their due treatment and control before their inclusion in the environment must be guaranteed
dc.format	application/pdf
dc.format.extent	22 páginas
dc.identifier.citation	Gallo Pérez, J. D. (2023). Caracterización genética de un aislado de Vibrio metschnikovii proveniente de una Planta de Tratamiento de Lixiviados en Cali, Colombia
dc.identifier.uri	https://repositorio.usc.edu.co/handle/20.500.12421/8061
dc.language.iso	es
dc.publisher	Universidad Santiago de Cali
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias Básicas
dc.publisher.program	Microbiología
dc.pubplace.city	Cali
dc.pubplace.state	Valle del Cauca
dc.rights.acceso	Acceso Cerrado
dc.rights.cc	Reconocimiento 4.0 Internacional (CC BY 4.0)
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.source.institution	Universidad Santiago de Cali
dc.source.repository	Repositorio Institucional USC
dc.subject	Vibrio Metschnikovii
dc.subject	Resistencia
dc.subject	Antibióticos
dc.subject	Metales Pesados
dc.subject	Factores de Virulencia
dc.subject.keyword	Vibrio Metschnikovii
dc.subject.keyword	Resistance
dc.subject.keyword	Antibiotics
dc.subject.keyword	Heavy Metals
dc.subject.keyword	Virulence Factors
dc.title	Caracterización genética de un aislado de Vibrio metschnikovii proveniente de una Planta de Tratamiento de Lixiviados en Cali, Colombia
dc.type	Thesis
dc.type.spa	Artículo