Comparación de mecanismos de resistencia y virulencia de aislados ambientales de Pseudomonas putida como factores asociados a patogénesis en aislados clínicos
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Date
2022
Authors
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Publisher
Universidad Santiago de Cali
Abstract
Pseudomonas putida is a microorganism that inhabits terrestrial and aquatic environments, but has now been reported as an emerging pathogen in the hospital environment. In recent years there has been a growing increase in infections associated with health care (IAAS) by this species, especially in immunosuppressed patients, which has gained great relevance because it can be found widely distributed in inanimate hospital surfaces and in humid environments due to its tolerance to harsh environmental conditions. The aim of this work is to identify virulence factors and antimicrobial resistance mechanisms in environmental P. putida isolates that may be associated with the pathogenesis of clinical isolates.Therefore, through bioinformatics tools, a comparative analysis of resistance genes and virulence factors in complete genomes of clinical and environmental isolates of Pseudomonas putida reported in NCBI was performed (National Center for Biotechnology Information). The identification of resistance genes and virulence factors took into account the annotations made by the authors and the PATRIC server 3.6.12. The MAUVE programme was used to carry out the comparative genomic analysis. Eleven isolates were found, of which 18.2% were clinical, and 81% were environmental. In terms of resistance genes, a total of 44 genes were found, of which 44 (32%) belong to expulsion pumps, porins (9%), quinolones (11%), aminoglycosides (7%) among others. On the other hand, 30 virulence factors were found associated with motility (43%), biofilm formation (23%), metabolic factor associated with pyverdine synthesis (16%), among others. Comparative genomic analyses indicated 177 and 77 homologous regions among clinical and environmental isolates, which may favor infectious processes in humans
Description
Pseudomonas putida es un microorganismo que habita en ambientes terrestres y acuáticos, pero que actualmente se ha reportado como un patógeno emergente en el ambiente hospitalario. En los últimos años se ha observado el creciente aumento en infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS) por esta especie, especialmente en pacientes inmunosuprimidos, lo cual ha cobrado gran relevancia porque se puede encontrar ampliamente distribuida en superficies hospitalarias inanimadas y en ambientes húmedos debido a su tolerancia a las duras condiciones ambientales. El objetivo de este trabajo es identificar factores de virulencia y mecanismos de resistencia a antimicrobianos en aislados ambientales de P. putida que puedan estar asociados a la patogénesis de los aislados clínicos. Es por ello que por medio de herramientas bioinformáticas se realizó un análisis comparativo de genes de resistencia y factores de virulencia en genomas completos de aislados clínicos y ambientales de Pseudomonas putida reportadas en NCBI (National Center for Biotechnology Information). Para la identificación de los genes de resistencia y factores de virulencia se tuvo en cuenta las anotaciones realizadas por los autores y el servidor PATRIC 3.6.12. Para realizar el análisis de genómica comparativa se utilizó el programa MAUVE. Se encontraron 11 aislados de los cuales el 18.2% eran clínicos, y el 81% eran ambientales. En cuanto a los genes de resistencia, en total se encontraron 44 genes de los cuales el (32%) pertenecen a bombas de expulsión, porinas (9%), quinolonas (11%), aminoglucósidos (7%) entre otros. Por otro lado, se encontraron 30 factores de virulencia asociados a motilidad (43%), formación de biopelículas (23%), factor metabólico asociados a síntesis de pioverdina (16%), entre otros. Los análisis de genómica comparativa indicaron 177 y 77 regiones homólogas entre los aislados clínicos y ambientales, lo cual puede favorecer los procesos infecciosos en humanos
Keywords
Jiménez Mena, M. A. (2022). Comparación de mecanismos de resistencia y virulencia de aislados ambientales de Pseudomonas putida como factores asociados a patogénesis en aislados clínicos. UniversidadSantiago de Cali. Pseudomonas Putida, Factores de Virulencia, Mecanismos de Resistencia
Citation
Jiménez Mena, M. A. (2022). Comparación de mecanismos de resistencia y virulencia de aislados ambientales de Pseudomonas putida como factores asociados a patogénesis en aislados clínicos. UniversidadSantiago de Cali