Comparación del método rápido de extracción de ácidos nucleicos Dipstick para el diagnóstico de Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV) en plantas de yuca (Manihot esculenta Crantz)
Date
2026-10-19
Authors
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Publisher
Universidad Santiago de Cali
Abstract
El objetivo de este estudio fue evaluar el desempeño del método de extracción Dipstick, en comparación con el método de extracción CTAB, para la detección del virus del mosaico de la yuca de Sri Lanka (SLCMV) mediante PCR convencional en hojas de yuca. Se analizaron muestras de plantas sanas, sintomáticas y asintomáticas, previamente deshidratadas en gel de sílice. El método Dipstick presentó una especificidad observada del 100% en los Ensayos 1 y 3 y en dos de las tres réplicas del Ensayo 2; en la réplica restante se registró un 96,8%, cuya interpretación requiere cautela. La sensibilidad fue variable según el estado de la planta, con porcentajes de detección por ensayo entre 73,3% y 93,5% en muestras sintomáticas y entre 6,5% y 48,3% en muestras asintomáticas. La concordancia entre réplicas técnicas, estimada con el coeficiente Kappa de Fleiss sobre todas las muestras de cada ensayo, fue de 0,806 en el Ensayo 2 y de 0,747 en el Ensayo 3. Los resultados muestran una mayor frecuencia de detección mediante Dipstick-PCR en plantas sintomáticas que en asintomáticas, aunque su sensibilidad fue inferior a la obtenida con CTAB-PCR. Se concluye que su uso es complementario y no sustituye al método CTAB
Description
The objective of this study was to evaluate the performance of the Dipstick nucleic acid extraction method, compared with the CTAB extraction method, for the detection of Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV) by conventional PCR in cassava leaves. Samples from healthy, symptomatic, and asymptomatic plants, previously dried in silica gel, were analyzed. The Dipstick method showed an observed specificity of 100% in Assays 1 and 3 and in two of the three replicates of Assay 2; in the remaining replicate, specificity was 96.8%, a value that should be interpreted with caution. Sensitivity varied depending on plant condition, with detection rates per assay ranging from 73.3% to 93.5% in symptomatic samples and from 6.5% to 48.3% in asymptomatic samples. Agreement among technical replicates, estimated with Fleiss' kappa over all samples in each assay, was 0.806 in Assay 2 and 0.747 in Assay 3. The results showed a higher detection rate with Dipstick-PCR in symptomatic than in asymptomatic plants, although its sensitivity was lower than that obtained with CTAB-PCR. It is concluded that its use is complementary and that it does not replace the CTAB method
Keywords
Extracción de ácidos nucleicos, Dipstick, CTAB, PCR, SLCMV
Citation
Acosta Trujillo, D. (2026). Comparación del método rápido de extracción de ácidos nucleicos Dipstick para el diagnóstico de Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV) en plantas de yuca (Manihot esculenta Crantz) [Tesis de pregrado, Universidad Santiago de Cali]. Repositorio Institucional USC