Análisis metataxonómico de suelos de cultivos de yuca (Manihot esculenta Crantz) con síntomas de cuero de sapo

Díaz Marín, Valentina

Análisis metataxonómico de suelos de cultivos de yuca (Manihot esculenta Crantz) con síntomas de cuero de sapo

dc.contributor.advisor	Ocampo Ibáñez, Iván Darío
dc.contributor.author	Díaz Marín, Valentina
dc.date.accessioned	2024-08-13T01:06:32Z
dc.date.available	2024-08-13T01:06:32Z
dc.date.issued	2024
dc.description	El “cuero de sapo” es una enfermedad que afecta principalmente la raíz de la yuca y genera síntomas que deterioran grandes cantidades de cultivos. El Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) en Colombia, lleva aproximadamente 50 años estudiando esta enfermedad en cultivos de yuca y ha propuesto algunos patógenos asociados, sin embargo, aún se desconoce el agente causal. Por ello, en el presente estudio se realizó un análisis metataxonómico de las bacterias y hongos que están presentes en suelos de cultivos de yuca con síntomas de la enfermedad “cuero de sapo” con el fin de poder encontrar los posibles agentes causales. Para esto, se llevó a cabo un análisis metataxonómico, mediante secuenciación por Illumina Miseq, para obtener secuencias 16S bacterianas e ITS fúngicas. Se obtuvieron bacterias pertenecientes a los filos Proteobacterias y Firmicutes; principalmente los géneros Pantoea, Enterobacter, Bacillus y Rhizobium. Los filos Ascomycota y Basidiomycota fueron los más abundantes en las comunidades fúngicas, representadas principalmente por los géneros Fusarium, Aspergillus y Alternaria. El análisis de diversidad alfa y beta mediante la plataforma de secuenciación Miseq reveló mediante una ANOVA de una vía y una PERMANOVA que existieron diferencias significativas en la composición a nivel de género en los suelos con síntomas de la enfermedad y los suelos controles. Este estudio proporcionó información útil sobre el microbioma presente en la rizosfera y las raíces de las plantas resistentes e infectadas con síntomas de “cuero de sapo”
dc.description.abstract	“Frogskin disease” mainly affects the roots of cassava and generates symptoms that deteriorate large quantities of crops. The International Center for Tropical Agriculture (CIAT) in Colombia has been studying this disease in cassava crops for approximately 50 years and has proposed some associated pathogens, however, the causal agent is still unknown. Therefore, in the present study, a meta-taxonomic analysis of the bacteria and fungi that are present in soils of cassava crops with symptoms of the “Frogskin disease” disease was carried out to find the possible causal agents. For this, a metataxonomic analysis was carried out, using Illumina Miseq sequencing, to obtain fungal ITS and bacterial 16S sequences. Bacteria belonging to the phyla Proteobacteria and Firmicutes were obtained; mainly the genera Pantoea, Enterobacter, Bacillus, and Rhizobium. The phyla Ascomycota and Basidiomycota were the most abundant in the fungal ITS communities; represented by the genera Fusarium, Aspergillus, and Alternaria. The analysis of alpha and beta diversity using the Miseq sequencing platform revealed through a one-way ANOVA and a PERMANOVA that there were significant differences in composition at the genus level in soils with disease symptoms and control soils. This study provided useful information on the microbiome present in the rhizosphere and roots of resistant plants infected with “Frogskin disease” symptoms
dc.format	application/pdf
dc.format.extent	24 páginas
dc.identifier.citation	Díaz Marín, V. (2024). Análisis metataxonómico de suelos de cultivos de yuca (Manihot esculenta Crantz) con síntomas de cuero de sapo. Universidad Santiago de Cali.
dc.identifier.uri	https://repositorio.usc.edu.co/handle/20.500.12421/5462
dc.language.iso	es
dc.publisher	Universidad Santiago de Cali
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias Básicas
dc.publisher.program	Microbiología
dc.pubplace.city	Santiago de Cali
dc.pubplace.state	Valle del Cauca
dc.rights.acceso	Acceso Público
dc.rights.cc	Reconocimiento 4.0 Internacional (CC BY 4.0)
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.source.institution	Universidad Santiago de Cali
dc.source.repository	Repositorio Institucional USC
dc.subject	Meta Taxonomía
dc.subject	Cuero de Sapo
dc.subject	Rizosfera
dc.subject	Illumina Miseq
dc.subject.keyword	Metataxonomic
dc.subject.keyword	Frogskin Disease
dc.subject.keyword	Rhizosphere
dc.subject.keyword	Illumina Miseq
dc.title	Análisis metataxonómico de suelos de cultivos de yuca (Manihot esculenta Crantz) con síntomas de cuero de sapo
dc.type	Thesis
dc.type.spa	Investigaciòn