Análisis metataxonómico de suelos de cultivos de yuca (Manihot esculenta Crantz) con síntomas de cuero de sapo
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Date
2024
Authors
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Publisher
Universidad Santiago de Cali
Abstract
“Frogskin disease” mainly affects the roots of cassava and generates symptoms that deteriorate large quantities of crops. The International Center for Tropical Agriculture (CIAT) in Colombia has been studying this disease in cassava crops for approximately 50 years and has proposed some associated pathogens, however, the causal agent is still unknown. Therefore, in the present study, a meta-taxonomic analysis of the bacteria and fungi that are present in soils of cassava crops with symptoms of the “Frogskin disease” disease was carried out to find the possible causal agents. For this, a metataxonomic analysis was carried out, using Illumina Miseq sequencing, to obtain fungal ITS and bacterial 16S sequences. Bacteria belonging to the phyla Proteobacteria and Firmicutes were obtained; mainly the genera Pantoea, Enterobacter, Bacillus, and Rhizobium. The phyla Ascomycota and Basidiomycota were the most abundant in the fungal ITS communities; represented by the genera Fusarium, Aspergillus, and Alternaria. The analysis of alpha and beta diversity using the Miseq sequencing platform revealed through a one-way ANOVA and a PERMANOVA that there were significant differences in composition at the genus level in soils with disease symptoms and control soils. This study provided useful information on the microbiome present in the rhizosphere and roots of resistant plants infected with “Frogskin disease” symptoms
Description
El “cuero de sapo” es una enfermedad que afecta principalmente la raíz de la yuca y genera síntomas que deterioran grandes cantidades de cultivos. El Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) en Colombia, lleva aproximadamente 50 años estudiando esta enfermedad en cultivos de yuca y ha propuesto algunos patógenos asociados, sin embargo, aún se desconoce el agente causal. Por ello, en el presente estudio se realizó un análisis metataxonómico de las bacterias y hongos que están presentes en suelos de cultivos de yuca con síntomas de la enfermedad “cuero de sapo” con el fin de poder encontrar los posibles agentes causales. Para esto, se llevó a cabo un análisis metataxonómico, mediante secuenciación por Illumina Miseq, para obtener secuencias 16S bacterianas e ITS fúngicas. Se obtuvieron bacterias pertenecientes a los filos Proteobacterias y Firmicutes; principalmente los géneros Pantoea, Enterobacter, Bacillus y Rhizobium. Los filos Ascomycota y Basidiomycota fueron los más abundantes en las comunidades fúngicas, representadas principalmente por los géneros Fusarium, Aspergillus y Alternaria. El análisis de diversidad alfa y beta mediante la plataforma de secuenciación Miseq reveló mediante una ANOVA de una vía y una PERMANOVA que existieron diferencias significativas en la composición a nivel de género en los suelos con síntomas de la enfermedad y los suelos controles. Este estudio proporcionó información útil sobre el microbioma presente en la rizosfera y las raíces de las plantas resistentes e infectadas con síntomas de “cuero de sapo”
Keywords
Meta Taxonomía, Cuero de Sapo, Rizosfera, Illumina Miseq
Citation
Díaz Marín, V. (2024). Análisis metataxonómico de suelos de cultivos de yuca (Manihot esculenta Crantz) con síntomas de cuero de sapo. Universidad Santiago de Cali.