Rivera Sánchez, Sandra PatriciaOcampo Ibáñez, Ivan DiarioNarváez Plata, Brandon2024-08-152024-08-152024Narváez Plata, B. (2024). Identificación del resistoma y viruloma de aislados clinicos de pseudomonas aeruginosa portadoras de la enzima VIM. Universidad Santiago de Cali.https://repositorio.usc.edu.co/handle/20.500.12421/5465Debido a su patogenicidad y prevalencia en infecciones asociadas a la atención médica, Pseudomonas aeruginosa es caracterizada como una de las bacterias que genera mayor preocupación en los hospitales. Pseudomonas aeruginosa es un patógeno gram negativo catalogado por la organización mundial de la salud como una de las bacterias más peligrosas a nivel mundial, con una prioridad critica debido a su capacidad de generar resistencia a antibióticos carbapenémicos, desarrollando cepas con la capacidad de tener Multirresistencia a fármacos (MDR) que perjudican la salud humana. Las carbapenémasas son enzimas con la capacidad de modificar la estructura molecular del anillo betalactámico presente en los antibióticos de esta clase. El presente proyecto tiene como objetivo identificar el resistoma y viruloma de aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa provenientes del cepario del Laboratorio de Salud Pública Departamental del Valle del Cauca (LSPD-Valle) reportadas como cepas de tipo MDR y productoras de betalactamasas. SPRPa1 y SPRPa13 fueron clasificadas como cepas MDR mediante pruebas de sensibilidad a antimicrobianos (MIC), también se identificó en las dos cepas la presencia de los genes blaVIM y blaIMP utilizando el kit comercial Check-Points CPO (BD MAX, Ref. 278102). Se utilizaron los programas FastQC, para análisis de calidad, FastQC Toolkit para el corte de adaptadores, FastQ pair para el pareado de secuencias, SPAdes para el ensamblaje de secuencias, analizando la calidad del ensamblaje y así realizar un alineamientos por el programa MAUVE y realizar anotación mediante las plataformas de la BV-BRC y RESfinder, analizando los genes de resistencia intrínseca y adquirida presentes en SPRPa1 y SPRPa13, también los genes de virulencia exclusivos de Pseudomonas presentes en las cepas SPRPa1 y SPRPa13, para finalizar se realizó una comparación internacional mediante alineamientos con genomas de Pseudomonas aeruginosa portadoras de betalactamasas. Los resultados indicaron que los ensamblajes SPRPa1 y SPRPa13 se encuentran en óptimas condiciones de calidad, 35.30% de los genes son adquiridos y 64.70% son intrínsecos, la resistencia a los antibióticos utilizados en la MIC se debe sus genes blaVIM y la expresión de las bombas de Eflujo y mutaciones generas en las porinas de las cepas. las cepas contienen genes de virulencia exclusivos del género Pseudomonas, expresando mecanismos que les permiten ser altamente patógenas y tener atributos de supervivencia que les permiten sobrevivir a ambientes hostiles. En los alineamientos se evidencia que las cepas contienen la capacidad de contener genes en común con muchas cepas a nivel internacional con un porcentaje de identidad mayor al 98%, contribuyendo a la formación de mutaciones y/o la persistencia de genes que son un problema para la salud pública. Es necesario realizar más estudios sobre alternativas viables para combatir la resistencia ya que la tendencia que se contempla indica que llegara un punto donde no existan métodos para combatir la resistencia microbianaDue to its pathogenicity and prevalence in infections associated with medical care, Pseudomonas aeruginosa is characterized as one of the bacteria that generates the greatest concern in hospitals. Pseudomonas aeruginosa is a gram-negative pathogen listed by the World Health Organization as one of the most dangerous bacteria worldwide, with a critical priority due to its ability to generate resistance to carbapenem antibiotics, developing strains with the ability to have multi-resistance to drugs (MDR) that harm human health. Carbapenemases are enzymes with the ability to modify the molecular structure of the beta-lactam ring present in antibiotics of this class. The objective of this project is to identify the resistome and virulome of clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa from the strain collection of the Departmental Public Health Laboratory of Valle del Cauca (LSPD-Valle) reported as MDR type strains and producers of beta-lactamase. SPRPa1 and SPRPa13 were classified as MDR strains by antimicrobial susceptibility tests (MIC), the presence of the blaVIM and blaIMP genes was also identified in the two strains using the commercial Check-Points CPO kit (BD MAX, Ref. 278102). The FastQC programs were used for quality analysis, FastQC Toolkit for cutting adapters, FastQ pair for pairing sequences, SPAdes for sequence assembly, analyzing the quality of the assembly and thus performing alignments using the MAUVE program and performing annotation using the BV-BRC and RESfinder platforms, analyzing the intrinsic and acquired resistance genes present in SPRPa1 and SPRPa13, also the exclusive virulence genes of Pseudomonas present in the SPRPa1 and SPRPa13 strains, to conclude, an international comparison was carried out using alignments with genomes of Pseudomonas aeruginosa carrying beta-lactamases. The results indicated that the SPRPa1 and SPRPa13 assemblies are in optimal quality conditions, 35.30% of the genes are acquired and 64.70% are intrinsic, the resistance to antibiotics used in MIC is due to their blaVIM genes and the expression of the pumps. Efflux and gene mutations in the porins of the strains. The strains contain virulence genes exclusive to the Pseudomonas genus, expressing mechanisms that allow them to be highly pathogenic and have survival attributes that allow them to survive hostile environments. The alignments show that the strains contain the ability to contain genes in common with many strains internationally with an identity percentage greater than 98%, contributing to the formation of mutations and/or the persistence of genes that are a problem for public health. It is necessary to carry out more studies on viable alternatives to combat resistance since the trend that is contemplated indicates that there will reach a point where there are no methods to combat microbial resistanceapplication/pdf56 páginasesResistenciaPseudomonas AeruginosaAntibióticosBacteriaGenesThesisAcceso PrivadoReconocimiento 4.0 Internacional (CC BY 4.0)ResistancePseudomonas AeruginosaAntibioticsBacteriaGenes